En el pasado distante, una raza alienígena muy avanzada, conocida como "Forerunners", luchó contra una especie parásita llamada "Flood". Ésta, que se propagaba a través de la infestación de otras formas de vida, rebasó las capacidades de los Forerunners e infestó casi toda la galaxia. Una de las especies afectada fue la humanidad, quienes se vieron forzados a aventurarse al espacio y entrar en el conflicto. Los Forerunners, exhaustos de su guerra y tras haber analizado todas las posibles opciones, decidieron recurrir a su última opción: un arma definitiva en contra de los "Flood. Utilizando una instalación conocida como "el Arca" (The Ark), construyeron gigantescas estructuras en forma de anillo, los Halos. La matriz de halos, una vez activa, destruiría toda la vida inteligente de la galaxia (forzando a los Flood a morir de hambre). Intentando resistir hasta el último momento, los Forerunner activaron los anillos y desaparecieron.1
Decenas de miles de años después, en el siglo XXVI, la humanidad, bajo el control gubernamental del Mando Espacial de las Naciones Unidas, o MENU (United Nations Space Command, o UNSC), colonizó muchos planetas gracias al desarrollo de los viajes interestelares a velocidades superiores a la de la luz. Los conflictos estallan entre las "colonias internas" y las más jóvenes y remotas "colonias externas" hasta escalar a una guerra civil. La UNSC desarrolla un programa para crear súper-soldados de élite (conocidos como Spartans) para poner fin a la rebelión de manera silenciosa.2 En el año 2525, la colonia humana de Harvest es atacada por una alianza teocrática de varias razas alien que se hacen llamar el "Covenant" (cuyo significado literal en español es: el pacto, la alianza). Los líderes de la alianza declaran a la humanidad como herejes y una ofensa para sus dioses (los Forerunners) y comienzan una guerra santa para exterminar a toda la raza humana. La tecnología Covenant, junto con su superioridad numèrica, prueban ser armas letales y decisivas. El único factor que juega al favor de la humanidad son los súper-soldados Spartan, aunque hay muy pocos como para lograr cambiar el rumbo de la batalla.
Al comienzo de la guerra entre el Covenant y los humanos todo iba a favor de la UNSC, pero todo cambió y se convirtió en una guerra con favor al Covenant un lustro después, La nave "Spirit of Fire" se encuentra en el espacio, el capitán Cutter (capitán de la nave "Spirit of Fire") le da la misión al sargento John Forge de recuperar la Base Alfa. Logrando cumplir el sargento Forge su objetivo y para su sorpresa descubrir que el Covenant abre una estructura Forerunner conocida como La Reliquia,el sargento Forge le informa sobre lo visto al capitán Cutter, dando la orden a la profesora Ellen Anders (alumna de la Dra.Catherine Halsey) de entrar a la reliquia e investigarla, entonces son atacados por el Covenant, pero logran salir ella y Forge con vida. El "Spirit of Fire" recibe un mensaje seguido por video en el cual la colonia Arcadia es atacada por el Covenant, por lo cual el capitán Cutter envía a Forge con un pelotón a evacuar a los ciudadanos. Después de la evacuacion, en el "Spirit of Fire" se descubre que el Covenant ha construido un enorme escudo de energía, al destruirlo adentro se encuentra un Scarab, con solo una cabeza en funcionamiento, es atacado y destruido por la UNSC, el Profeta del Pesar da la orden al inquisidor de encontrar y secuestrar a Anders. Al encontrarla está a punto de matar a Forge pero Anders lo salva al aceptar irse con él, Forge informa al "Spirit of Fire" el secuestro de Anders, Forge y un equipo de Spartans suben de inmediato al "Spirit of Fire" en el cual Serina (IA al igual que Cortana) detecta a Anders dirigiéndose en el "Spirit of Fire" pero en el viaje tienen su primer encuentro con los "Flood" logrando evadirlos dentro del planeta colonizado por los "Flood" (planeta Forerunner). Al llegar a la ubicación de Anders solo encuentran un enorme lago pero se abre sorpresivamente y de el aparecen Centinelas. Después de evitar a los Centinelas se dan cuenta de muchas cosas, incluyendo un sol. El inquisidor provoca que Anders active las naves "Forerunners" y mientras el Inquisidor esta distraído, Anders logra escapar a la superficie encontrándose con Forge. Después de pedir refuerzos para poder escapar Anders tiene el plan para destruir el las naves Forerunner, usar el reactor de velocidad de la luz de la nave para destruir el planeta. Antes de activar el reactor, Forge y los Spartan se enfrentan al Inquisidor y algunos Elites, Forge logra matar al Inquisidor y los Spartan con facilidad a los Elites, el reactor no esta en buen estado y solo podrá activarse de forma manual por lo cual Forge se ofrece para activarlo siendo una misión suicida, el "Spirit of Fire" sale del planeta Forerunner siendo destruido junto con las naves, el "Spirit of Fire" se encuentra navegando lentamente por el espacio (debido a que el reactor fue usado para destruir el planeta Forerunner y las naves), la tripulación entra en criogenización, a excepción del capitán Cutter, el cual observa la cámara de criogenización de Forge vacía.
En 2552, el Covenant llega a Reach, la última fortaleza de la UNSC además de la Tierra, y lanza una invasión masiva al planeta. Los últimos Spartans y las fuerzas armadas de la UNSC son insuficientes para prevenir el bombardeo de la superficie con plasma, destruyendo efectivamente todo a su paso. Siguiendo órdenes para evitar exponer la localización de la Tierra, la inteligencia artificial (IA) Cortana, a bordo de la nave "Pillar of Autumn" (Baluarte de otoño) escoge un conjunto de coordenadas al azar que resulta con el descubrimiento de una instalación Halo. El Covenant los persigue, logrando dañar a la nave y dirigiendo la batalla hacia la superficie del anillo. El Covenant accidentalmente libera al Flood que se encontraba preso; para evitar cualquier riesgo, el guardián del anillo, 343 Guilty Spark (Chispa culpable), recurre al spartan John-117 (Master Chief o Jefe maestro en español), quien es el último spartan que queda. Sin embargo, antes de que el par logre activar las defensas del anillo, Cortana revela que la activación del anillo conllevaría su propia destrucción. El jefe maestro y Cortana deciden detonar los motores del Pillar of Autumn, destruyendo el Halo en el proceso y previniendo así el escape de los Flood. Regresan a la Tierra con unos cuantos sobrevivientes humanos y avisan de un ataque Covenant próximo.
El Covenant, sin conocimiento de la naturaleza destructiva de los anillos, intenta activar otra instalación Halo (la instalación 05) para llevar a cabo su profecía religiosa de la destrucción de la humanidad.3 Para ello, lanzan una invasión a la Tierra. Entre los defensores del planeta se encuentran el jefe maestro, el sargento Avery Johnson y la comandante Miranda Keyes. Una raza en el Covenant, los Elites, se enteran de la verdad acerca de los anillos y se unen a las fuerzas humanas para prevenir la activación de los Halos. Esta improvisada alianza tiene éxito y logran detener al Covenant. Sin embargo, la desactivación forzosa del anillo libera un protocolo de respaldo que prepara a todos los anillos para su detonación remota desde una ubicación: el Arca (Ark)4 . Aún sin conocer la verdad acerca de los anillos, el Alto Profeta de la Verdad Covenant y los remanentes leales al Covenant siguen su camino hacia la Tierra, donde creen que está enterrada el Arca. Una gran batalla es librada entre el Covenant, la humanidad y un ejército infectado por los Flood. Eventualmente, el Covenant es repelido y escapan a través de un túnel en el espacio, el cual provoca una gran devastación de África y la erradicación de los Flood en la Tierra.
Siguiendo un mensaje que Cortana dejó a bordo de una nave Flood, el jefe maestro, el inquisidor, Elites, Johnson, Keyes y sus tropas siguen al profeta Verdad a través del portal. 343 chispa culpable se les une, quien ayuda al jefe al no tener una función que realizar tras la destrucción de su anillo. Una vez cruzado el portal, se encuentran con una inmensa estructura artificial que se encuentra bastante más allá de los confines de la galaxia: el Arca. Un gran número de Flood llega a bordo de "High Charity", la ciudad "sagrada" del Covenant y comienzan la infestación de la estructura. Gravemind, un ente que representa la mente colectiva de los Flood ayuda al inquisidor y al jefe maestro en encontrar a Verdad, ya que la activación del Arca también significaría el fin de su especie. En su búsqueda descubren a Keyes, muerta tras un intento infructuoso para rescatar a Johnson, quien está siendo usado por Verdad para intentar activar el Arca. El jefe maestro y el inquisidor impiden su activación y matan a Verdad antes que éste pueda ser consumido por los Flood. El grupo se entera que el Arca está construyendo automáticamente un reemplazo para el anillo destruido, y el jefe maestro decide activar sólo este nuevo Halo, erradicando así la infestación Flood en el Arca pero salvando a la mayor parte de la galaxia. Para detonar el anillo, el jefe rescata a Cortana, quien tiene la llave de activación del Halo destruido anteriormente.
El grupo se desplaza hacia la sala de control del Halo para activarlo, y chispa culpable explica que ya que aún no está completo, su detonación prematura acarrearía la destrucción completa del Arca. Johnson ignora su "advertencia" y chispa culpable lo mata para proteger "su nuevo anillo". El jefe maestro destruye a chispa culpable, activa el anillo y con el Inquisidor escapan de la auto-destrucción del Halo a bordo de la fragata de la UNSC "Forward Unto Dawn" (Adelante hacia el alba). Sin embargo, la detonación del anillo hace colapsar el portal por el que viajan resultando en la fragmentación de la nave. Sólo la parte delantera, donde viaja el Inquisidor, llega a la Tierra. Creyendo al jefe maestro muerto, un servicio memorial es dado en su honor y en honor a los caídos de la guerra contra el Covenant. Tras el memorial, el inquisidor y sus Elites parten hacia su planeta. Sin embargo, la parte trasera de la "Forward Unto Dawn" no fue destruida completamente, y se muestra flotando en una parte desconocida del espacio, con el jefe y Cortana a bordo. Cortana activa una señal de emergencia y el jefe se somete al sueño criogénico.
Cuatro años después de la destrucción del Arca, el jefe es despertado por Cortana para encontrarse con un ataque Covenant. Capturados en la influencia de un pozo gravitatorio artificial, son jalados, junto con los restos de la "Forward Unto Dawn", hacia el planeta artificial "Réquiem", construido por los Forerunners. Tras haber recibido una señal de la nave de la UNSC "Infinity", van al centro del planeta para desactivar lo que parecen ser bloqueadores de señales. Sin embargo, liberan a un guerrero Forerunner hostil llamado "El didacta". El jefe y Cortana apenas logran huir y, luchando con fuerzas Covenant y soldados IA conocidos como "Prometeos", logran llegar al "Infinity". Durante este trayecto, Cortana decide confesar que se está volviendo rampante, un problemático estado inherente a las IAs que han aprendido demasiado y eventualmente pierden control de sí, se vuelven locas. En el intento para destruir el pozo gravitatorio, la bibliotecaria, una conciencia Forerunner. le transmite al jefe conocimiento acerca de su esposo, el didacta, y acelera la evolución del jefe; durante el conflicto con los Flood, el didacta intentó usar un dispositivo conocido como "El compositor" (cuya función consistía en transformar las formas de vida en entes digitales, inmunes a la infección de los Flood) pero las mentes se fragmentaron y en un esfuerzo de convertirlos nuevamente en seres vivos solo creaban abominaciones terroríficas contra la humanidad, una especie que él odiaba a causa de la guerra entre ellos, convirtiéndolos en un ejército para luchar contra los Flood. Fue encarcelado por su propia especie junto con los Forerunner y humanos que ya había logrado convertir, los Prometeos, como sus guardianes.
Desobedeciendo la orden del capitán de la "Infinity" para remover la cada vez más errática Cortana y escapando para perseguir al Didacta, el jefe maestro intenta evitar que adquiera una vez más el Compositor, que se encuentra escondido en un cinturón de asteroides cercano a uno de los antiguos anillos Halo. El jefe falla en su intento y el Didacta reactiva el dispositivo, matando a todos los humanos en la estación de estudio, menos al jefe, gracias a que es más evolucionado que los otros, gracias a la bibliotecaria. El jefe sigue al Didacta a través de un portal hacia la Tierra, donde abordan la nave del Didacta y se preparan para destruirlo y al dispositivo. El jefe llega tarde, ya que el Didacta logra activar el compositor, convirtiendo a los humanos en prometeos, pero aun no era tarde para salvar a la humanidad, el jefe prepara una mina nuclear HAVOK mientras que Cortana envía a su personalidad rampante a hacer estragos en el sistema, logrando desactivar los escudos del Didacta. Éste intenta matar al jefe, pero Cortana interviene, permitiendo al jefe matar al Didacta y detonar la bomba, destruyendo así al Compositor y salvando a la Tierra. Cortana logra proteger por última vez al jefe, esta vez de la explosión de la bomba y lo deja para ser rescatado por las naves de la UNSC. Cortana logra salvar al jefe, pero es destruida junto con el Compositor.
